Comigo está acontecendo a mesma coisa.
Várias empresas que são EPP foram indevidamente alteradas para ME e outras que são lucro presumido e não possuem enquadramento de ME/EPP na Junta Comercial, por opção do contribuinte, tiveram portes ME/EPP acrescidos. Tenho ido na Receita Federal diariamente, até já consegui reverter alguns poucos cadastros, mas o cadastro da Receita, muitas vezes, está recusando a data informada para alteração do porte que é a data do registro do doc. na junta comercial. Outra questão é que as empresas que não possuem enquadramento de porte por opção e por estarem no lucro presumido talvez tenham que proceder a este registro, mas pelas pesquisas que fiz este enquadramento é facultativo, mesmo que a empresa fature anualmente até o limite de R$3.600.000,00. A Receita não pode obrigar a empresa a enquadrar-se.
Enfim, esta um caus e nem os fiscais sabem responder o que deverá ser feito.