CNAEs Incluidos sem autorização

Um cliente meu quando constituiu sua empresa (locadora de carros com motorista) tinha apenas um CNAE 60.25-9-02 (em 2006). Este CNAE correspondia a locação de veículos rodoviarios de passageiros com motorista, municipal. Era o mais próximo da atividade do cliente. Ocorre que agora, quando geramos o comprovante de inscrição do CNPJ, aparecem 3 CNAES:

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DA ATIVIDADE ECONÔMICA PRINCIPAL
49.29-9-01 - Transporte rodoviário coletivo de passageiros, sob regime de fretamento, municipal

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DAS ATIVIDADES ECONÔMICAS SECUNDÁRIAS
49.23-0-02 - Serviço de transporte de passageiros - locação de automóveis com motorista
49.29-9-99 - Outros transportes rodoviários de passageiros não especificados anteriormente

Como alterar para manter apenas o 49.23-0-02? O contrato social não foi alterado e já previa esta atividade. O CNAE 49.29-9-99 precisa sair urgentemente pois o Simples Nacional não aceita mais.
Me ajudem, por favor!

Se foi um erro e não consta no contrato social, basta fazer um DBE atualizando os dados cadastrais e anexar uma cópia autenticada do contrato provando que ele não faz parte e levar tudo numa agência da RFB.