CNPJ Indeferido por incompatibilidade com o porte

Boa Tarde,
Gostaria de saber como devo proceder no seguinte caso: Fui abrir uma empresa e depois de todo o processo o CNPJ foi indeferido pela Junta Comercial pela incompatibilidade do porte da empresa com o contrato. Um contador me orientou a cancelar a CL pra depois recuperá-la. Feito isso não consegui recuperar a CL com o dados. Então fui orientado a fazer uma nova CL para depois fazer um novo DBE e dar entrada na Junta Comercial. O meu contrato já foi autenticado pela Junta Comercial e só falta um novo DBE para que o CNPJ seja deferido. O antigo processo será afetado ou com uma nova CL vou conseguir deferir o CNPJ? Espero que possam me ajudar.
Obrigado.

O que você quer dizer com CL.....

CL é o código gerado pelo site da receita quando fazemos "inscrição" colocando o objeto e todos os dados iniciais. Depois de fazer a inscrição essa CL serve para acompanhar o deferimento dos órgãos estaduais.