Helio.. vou tentar te ajudar, no geral, antes de tudo precisa saber a atividade da empresa e o que será, se vai ser sociedade empresária, ltda, eireli, se vai ser simples nacional, lucro presumido, real... após isso, precisa analisar com a prefeitura a aprovação do local (cada prefeitura tem sua legislação própria, então sempre recomendo que antes de ir para a junta ou cartório deve ter certeza do procedimento na prefeitura), definido isso, faz o contrato, faz o registro (jucesp ou cartório), após é dado entrada na receita federal por pgd para liberação do cnpj e em seguida sai a IE, após isso deve terminar o processo na prefeitura para sair o ccm e nos demais órgãos.
Lembrando que meio que te passei o por cima, por que cada caso é um caso, por exemplo, clinica médica, tem que ter antes de ir para o registro no cartório, o registro na sua classe.