Duvida sobre SPED Contabil

A minha empresa mudou no mês de julho para contabilidade interna, e estamos usando um plano de contas diferente da contabilidade e não importamos a base de dados da contabilidade apenas os saldos das contas.
E eu perguntei a contabilidade como seria feito o SPED contábil, e disseram que eles gerariam um arquivo sped de janeiro a junho e eu teria que gerar um do restante do mês.
- Minha duvidas, isso realmente é possível de ser feito, dois arquivos?
- a diferença de plano de contas pode atrapalhar o SPED?

sim é possivel, plano de conta não implica em nada, além do que por se tratar de responsabilidade diferente.