Levi, infelizmente para corrigir isso, você terá que fazer as gfip desde o começo (01/1998 em diante) pode fazer novas gfip's sim, não tem problema, apenas os valores da GPS da gfip tem que bater com as guias da GPS pagas, o que de anos atrás poderá dar algumas diferenças na hora da importação, que você deverá ir ajustando GPS por GPS, ou seja como disse os colegas terá um grande trabalho a fazer.
Quando você for fazer uma competência que uma GPS estiver paga com juros e multa, desconsidere os mesmos, pois o valor que tem que bater é o valor do capital da GPS Ex.
Gps cód. 2003 R$: 149,16
juros.........R$: 10,15
total pago....R$: 159,31
Total a informa na transmissão da Gfip R$: 149,16 (somente o capital)
Vai dar trabalho, mas para corrigir o problema terá que transmitir tudo.