Josiane,
Nos seu estado ( SP ) vários autos de infração aplicados aos contribuintes tratam justamente de erros contidos nos arquivos enviados e que foram devidamente validados pelo PVA.
O que ocorre é que se o sistema que está gerando os arquivos for um bom sistema ( e por isso gera as informações com os corretos CSTs, CFOP, e os registros obrigatórios ) e os tributos estiverem calculados corretamente, os autos de infração podem ser facilmente anulados. Mas o grande problema é que a maioria desses sistemas de gestão que estão no mercado geram os arquivos com uma infinidade de erros e aí fica difícil se defender.
Att,
João Lúcio Carvalho Jr.