Agora sim o problema esta resolvido!
É muito simples! Toda vez que tentamos instalar o certificado no repositório do windows, instalamos uma fila de certificados do mesmo cliente. Acontece que a cada certificado instalado invalida o anterior e este fica inativo, o problema e que quando acionamos o sistema da NFE gratuita (por exemplo) ele tenta ler o primeiro certificado da lista do repostório do Windows (isso nos certificados padrão A3), e este geralmente e o que esta invalido, por este motivo e que acontece aquele erro “erro ao tentar recuperar o certificado, verifique se o cartão esta corretamente conectado”.
A solução do problema é: abrir o internete explorer, opções de internet, conteúdo, certificados, dar dois cliques no certificado pretendido, caminho do certificado (se este certificado apresentar um “x” em vermelho e porque esta conrrompido, este deve ser excluído (de preferencia com o cartão ou token desconectados.
Atenção esta operação so deverá ser praticada com os cerfificados A3, o A1 e diferente.
para a nfe gratuita funciona deve ser marcada a opção "utilizar Repositório do Windows"
Espero ter ajudado (marcos Azienda Contabilidade Jequié @Oculto, @Oculto) para qualquer duvida entrem em contato.