Thiago de Vargas Felipe da Silva,
Boa tarde!
Interessante o seu ponto de vista mas, minha opinião não foi emitida sem embasamento legal.
Eu estava me baseando no fato de que, o SPED foi instituído pelo Decreto nº 6.022/2007. Veja que estamos falando de um Decreto, e não de nenhuma Instrução Normativa ou qualquer outro ato da RFB.
Um Decreto é um ato emitido pelo Chefe do Poder Executivo (no caso, emitido pelo Presidente da República) para regulamentar uma legislação. Dentre outros, o Decreto citado regulamenta o Artigo nº 1.179 do Código Civil citado por você (justamente o artigo que trata da contabilidade das empresas).
Em suma, o SPED não foi criado pela RFB, mas sim pela Presidência da República, com a finalidade de regulamentar a Contabilidade Digital.
O Artigo 2º do citado Decreto determina que "O Sped é instrumento que unifica as atividades de recepção, validação, armazenamento e autenticação de livros e documentos que integram a escrituração contábil e fiscal dos empresários e das pessoas jurídicas, inclusive imunes ou isentas, mediante fluxo único, computadorizado, de informações" (grifo meu).
Já no § 1º deste mesmo artigo temos que "Os livros e documentos de que trata o caput serão emitidos em forma eletrônica, observado o disposto na Medida Provisória no 2.200-2, de 24 de agosto de 2001".
Daí vem a minha pergunta: Como registrar um Livro Diário emitido de forma eletrônica no cartório??
Olha, estamos falando de um Livro Diário emitido de forma eletrônica, não estamos falando de sua impressão.
Lembre-se que, quando registramos o Livro Diário na Junta Comercial, é feito o registro daquele arquivo eletrônico enviado pelo programa ECD. Não estamos registrando nenhum documento impresso.
Ainda com base no citado Decreto, temos que "Art. 5o O Sped será administrado pela Secretaria da Receita Federal (...)", "Art. 6o Compete à Secretaria da Receita Federal: (...) I - adotar as medidas necessárias para viabilizar a implantação e o funcionamento do Sped (...)", "Art. 7o O Sped manterá, ainda, funcionalidades de uso exclusivo dos órgãos de registro para as atividades de autenticação de livros mercantis" e, "Art. 8o A Secretaria da Receita Federal (...) expedirão, em suas respectivas áreas de atuação, normas complementares ao cumprimento do disposto neste Decreto".
Pois bem, veja que o Decreto determinou que a RFB irá cuidar (dentre outros) da funcionalidade do SPED.
Foi com base nesta legislação que a RFB criou a ECD, regulamentada pela IN RFB nº 1.420/2013 que, em seu § 2º do Artigo 1º é bem claro ao determinar que, "Ficam dispensados de autenticação os livros da escrituração contábil das pessoas jurídicas não sujeitas a registro em Juntas Comerciais".
Desta forma, não há o que se falar em obrigatoriedade de registro do Livro Diário de uma associação ou igreja, por exemplo, que fizer a entrega da ECD.