Elaine, seu entendimento está correto. Tais compensações serão informadas posteriormente na DCTF do respectivo período de apuração.
A EFD-Contribuições, assim como a extinta DACON, trata da apuração das contribuições.
Inclusive, veja o que diz este trecho do Perguntas Frequentes da EFD-Contribuições:
Processos referenciados
80. A empresa ganhou um processo judicial referente ao PIS e COFINS. Esta
utilizando o valor ganho para pagar os débitos apurados atualmente.
Essa operação deve ser informada no EFD PIS e COFINS? De que forma?
NA EFD-CONTRIBUIÇÕES devem ser informados apenas processos judiciais que tenham
impacto na apuração da contribuição/crédito, ou seja, na formação da base de cálculo,
alíquota aplicável e ou CST. A informação de pagamento, compensação de indébito
tributário com tributos a pagar são demonstradas na DCTF e em outras declarações, como é
o caso das Declarações de Compensação (Dcomps).
Fonte: http://www1.receita.fazenda.gov.br/faq/PerguntasFrequentesEFD102013.pdf