Adriana Rosa Breda, bom dia!
O problema está na regra de seu Sistema:
"No Sped Fiscal, o lançamento da NF-e nos Registro C100/C170 lanço sem BC e sem ST, tenho orientação da SEFAZ do ES, que devo zerar as BC ST e ST, e o valor da diferença fica no campo Outras."
R = Aqui em São Paulo, quando a Empresa é substituida, procedemos exatamente dessa forma. No Sistema que utilizamos aqui, ao escriturar a Nota Fiscal, informamos sim o valor da ST, porém ele não aparece no Registro C100 e C170. O Valor integrará o Registro C195 (observações). Isso para o ICMS. No caso de IPI, você pode até informar no campo proprio dos Registro C100/C170, que não ira interferir em nada, mas aqui, esses valores, quando não se trata de contribuinte do IPI, informados os valores também de forma tal que apareça no Registro C195.
"No Sped das Contribuições, os valores de ST destacado não integra a BC do PIS/COFINS, ai que está a confusão, como fiz o registro da notas fiscal sem colocar a ST no campo próprio, o sistema, inclui o valor do ST na BC de PIS/COFINS".
R = No sistema que utilizamos, informamos tudo: ST, IPI, despesas acessórias, etc. Acontece que o nosso Sistema entende as regras fiscais e determina exatamente o que vai integrar a Base de Calculo do imposto ou não. O mesmo acontece neste caso. Simplesmente o nosso Sistema ignora os valores de ST, deixando de considerá-lo na Base de Calculo.
"O Sistema não tem parâmetros diferenciados para Sped Fiscal e outro para o SPED Contribuições."
R= Este é um grande problema. Se o Sistema está apto para gerar as duas obrigações, precisa entender as regras, e criar uma programação que atenda a isso.
"Alguém poderia me sugeri algo para eu resolver, se tem empresas com esse tipo de operação, poderia compartilhar a forma que fazem?"
R = Neste caso, sugiro a você resolver na "unha" mesmo, até o Sistema resolver essa questão. Mas já te adianto que dá para fazer sim. Eu aqui, utilizo Domínio Sistemas: http://www.dominiosistemas.com.br/
Um abraço.