Boa tarde João,
Eu acredito que não.
No manual diz que é obrigatório recuperar a ECD na ECF as empresas que foram obrigadas a entregar a ECD, e não as que entregaram facultativamente.
Porém como foi enviada a ECD, não vejo o porque não gerar a ECF como "contabilidade", porque assim ela vai com informações mais completas.
E também tem o porém dos cruzamentos, irão verificar que foi enviada uma ECD e a ECF foi enviada como livro caixa, pode ascender uma luz para o fisco, mesmo que não seja obrigada a essa forma de envio.
Se eu estivesse no seu lugar transmitiria como contabilidade.