George,
Eu tive um problema como você, tenho outro certificados que funcionam no Emissor de NFE, mas um outro que "não reconhecia nem a pau".
Depois de revirar a net e acionar a todos, fui orientado pela empresa Certificadora a entrar em ctt com o Sefaz-SP, através do Fale conosco. Eles responderam prontamete:
"Caso utilize um certificado A1, basta entrar no aplicativo emissor na Aba Sistemas, Certificados e selecionar a opção Utilizar o Cadastro de Certificados Via Aplicativo, clicar incluir e indicar a pasta onde está o arquivo referente ao certificado. Uma vez indicado corretamente, o aplicativo reconhece e o salva nestas condições sendo resgatado no momento da assinatura e transmissão.
Caso utilize certificado A3, orientamos para que primeiro instale o certificado no repositório do Windows para depois indicá-lo no aplicativo emissor.
Para tanto basta seguir o procedimento:
Entrar na guia Ferramentas dentro do navegador utilizado (internet Explorer, Mozilla, entre outros), clicar em opções da internet, clicar na aba Conteúdo, clicar no botão Certificados e clicar em Instalar. Vale lembrar que o dispositivo que contém o certificado deve estar inserido no computador do usuário antes de efetuar todos estes procedimentos. Após o reconhecimento pelo Windows, basta entrar no aplicativo emissor, clicar na guia Sistema, opção Certificados, selecionar a opção utilizar repositório do Windows para que o aplicativo emissor reconheça este certificado."
E isso deu certo pra mim. Consegui resolver meu problema.
Espero que te ajude também!
Bruno