O programa a ser utilizado para validação do arquivo é o PVA (programa validador e assinador) esse validdor vc encontra no site que eu indiquei na mensagem anterior, segue o link completo para vc baixar www.receita.fazenda.gov.br
No validador é possível você lançar os dados de notas, dos pacientes.
Para você fazer os lançamentos vc tem que importar pelo menos um arquivo básico que a receita federal disponibiliza, após fazer a importação do arquivo em Escrituração pis e cofins - importar, vc poderá editar o arquivo. Para editar com as informações que você precisa seguir os seguintes passos...
1- Clicar em escrituração no validador - apos clicar em escrituração vai aparecer para você cadastrar os dados do contador, clientes (pacientes), dados da empresa, na parte de entradas da nota fiscal vc vai visualizar o registro A100 que é onde você irá lançar as notas de servico.
Espero que seja util essas informações!