Prezada Rose, boa tarde. Pela data da pergunta nem sei se irei ajudar, mas enfim ficará arquivado para futuras pesquisas;
Vamos em partes:
a) sua empresa presta serviço de agronomia (profissão regulamentada);
b)regime lucro presumido, calcual PIS/COFINS pelo regime cumulativo, 0,65% PIS e 3,00% COFINS;
c) a presunção de lucro (IR e CSLL) é de 32%, e sobre esta presunção aplica-se alíquotas de 15% para IRPJ e 9% para CSLL. veja exemplo:
Em muitos casos utiliza-se alíquotas diretas sobre a receita para simplificar o cálculo veja no exemplo;
IRPJ
Receita R$ 100.000,00 x 32% (lucro presumido) = 32.000,00 x 15% (aliq IRPJ)= 4.800,00 de IRPJ devido - Neste caso utiliza-se alíquota de 4,80% diretamente sobre a receita bruta que obtem-se o mesmo resultado do tributo devido, ok?
CSLL
Receita R$ 100.000,00 x 32% (lucro presumido) = 32.000,00 x 9% (aliq IRPJ)= 2.880,00 de CSLL devida - Neste caso utiliza-se alíquota de 2,88% diretamente sobre a receita bruta que obtem-se o mesmo resultado do tributo devido, ok?
Sua empresa emite uma NF de R$ 1.000,00, então deverá pagar;
PIS 0,65% ............. 6,50
COFINS 3,00%...........30,00
IRPJ 4,80%.............48,00
CSLL 2,88%.............28,80
Total 11,33%..........113,30
Isso de tributos federais, ok? Você precisará considerar ainda a alíquota do ISSQN que é determinada pelo seu município, podendo ser entre 2% e 5% (conforme LC 116/2003)
Com relação às retenções, vamos considerar a mesma NF do exemplo acima, o seu clinte fará retenção de 1,5% do IRPJ R$ 15,00 e pagará o valor liquido para sua empresa, essa retenção é compensada na hora de você pagar seus tributos, pois calcula 4,8% e desconta 1,5% (já retido) então pagará somente 3,30%
Mas para NF acima de R$ 5.000,00 haverá a retenção das contribuições (CRF) de 1,00% de CSLL e 0,65% PIS e 3,00% COFINS (total 4,65%)
Então teremos retenções de (1,5% IRPJ + 4,65% CRF = 6,15%) tudo isto representa antecipação de pagamento, que será compensado na hora do efetivo cálculo mensal(PIS/COFINS) e trimestral (CSLL/IRPJ).
Verifique se seu municipio não aderiu à antecipação do ISSQN , pois se assim tiver feito seu cliente deverá reter também o ISSQN (também compensável na hora do efetivo pagamento)
Espero ter ajudado, sucessos.