Tive o mesmo problema. Entrei no site da receita para me informar.
1. Povoamento do Nire na base CNPJ:
1.1 A Receita Federal passará a efetuar a atualização automática de Nire na base CNPJ, em todas as solicitações deferidas pelos atendentes da Receita Federal utilizando o PGM CNPJ, inclusive nas solicitações feitas de oficio em que o Nire tenha sido informado.
A regra de atualização automática prevê que, no momento do deferimento da solicitação pelo atendente da RFB no PGM, poderão ocorrer as seguintes situações:
1) Se o Nire estiver em branco na base, o Nire coletado pelo contribuinte vai atualizar a base CNPJ;
2) Se o Nire que estiver na base for diferente do Nire coletado pelo contribuinte, o Nire coletado vai sobrepor o Nire existente na base CNPJ.
copie o link abaixo. Tem muitas informações sobre as mudanças na versão 3.5 CNPJ Versão 3.5