Olá Lucas
Vamos lá...
Para retificar a RAIS, ou seja, incluir o novo funcionário você deverá gerar uma nova declaração RAIS, utilizando o programa GDRAIS2013, informando apenas os estabelecimentos/empregados omitidos. Neste casos, a gravação desta declaração deverá ser como nova, e não como retificadora.
Essa declaração irá gerar um novo Crea sim, e também caberá a multa conforme abaixo:
Art. 3º O empregador que omitir informações ou prestar declaração falsa ou inexata ficará sujeito à multa prevista no art. 25 da Lei nº 7.998, de 1990, a ser cobrada em valores monetários a partir de R$ 425,64 (quatrocentos e vinte e cinco reais e sessenta e quatro centavos), acrescidos de R$ 26,60 (vinte e seis reais e sessenta centavos) por empregado omitido ou declarado falsa ou inexatamente.
http://www.rais.gov.br/Att,