Colega,
É isso mesmo.
Caso houvesse impedimento pela pendência com a RFB, esta também iria emitir o seu termo de indeferimento.
Realmente, o que ocorre é um descaso do serviço prestado pela Prefeitura de São Paulo.
Em uma breve consulta da normatização sobre o assunto, temos a INSTRUÇÃO NORMATIVA SF/SUREM Nº 16, DE 31 DE JULHO DE 2007, que assim dispõe em seu Art. 5°: "O interessado poderá obter a íntegra do Termo de Indeferimento da Opção pelo Simples Nacional, bem como dos despachos de impugnação e recurso, por meio da Internet, no endereço eletrônico http://www.prefeitura.sp.gov.br, mediante o uso da senha web.".
Portando, em tese, o procedimento seria visualizar o ente (PMSP) que indeferiu a opção ao SImples, consultando no e-CAC da RFB. Após, visualizar o termo de indeferimento emitido pelo ente correspondente (PMSP), e ingressar com a impugnação neste mesmo ente para análise.
Estive na PMSP no dia 18/02, e me foi informado que não conseguiam emitir o termo de indeferimento, porém trabalham com uma lista que, conforme informado pelo funcionário, seria publicada no Diário Oficial. Após, esta publicação haveria possibilidade de ingressar com a impugnação no prazo de 30 dias sem o recolhimento de custas.
Até o presente momento não tive acesso a esta "lista", e terei de novamente diligenciar na PMSP. Só espero que desta vez, resolva o problema.
Att,