marcia,
1-se sua empresa recebe mercadorias com subs;tributaria, nas suas saidas subsequentes tem que sair com cfop 5405(substituido)
2-se vender pra outros estados que tenha protocolo, tem que recolher gnre em favor do estado de destino da mercadoria, e calcular com iva ajustado
3-se vender pra outros estados, desde que não tenha protocolo ,cfop 6404, e não recolhe nada, somente total da nf
4-só recolhe dif.de aliquotas, se receber mercadorias de outros estados , desde que não tenha protocolo e não tenha st em sp.
5-quando sua empresa recebe mercadorias com icms subs.tribut., esse icms esta embutido no total da nf, que sua empresa vai pagar, correto?
então não se fala em diferencial.
entendeu?
joão