Bom dia Magali,
Não imagine que seu questionamento seja menos importante do que qualquer outro que aqui se faça, a seu exemplo, certamente outras pessoas já viveram (ou vivem) situações idênticas. Assim é que (mesmo sem saber) podemos estar ajudando-as também.
Para que os saldos da conta "Clientes" reflita a realidade, você deve promover a baixa (recebimento) das duplicatas cuja quitação a despeito de efetivada, não foi registrada na contabilidade. Naturalmente isto deve ser feito com o respaldo de documentos.
Alternativamente, diante da inexistência dos aludidos "controles", use os extratos bancários para detectar os recebimentos. Na falta destes, entre em contato com os referidos clientes para certificar-se das datas e condições de pagamento das duplicatas ainda pendentes na sua contabilidade.
Uma vez ciente dos detalhes acerca do pagamento, considerando que os ajustes contábeis das contas envolvidas não interferem no Resultado dos Exercícios Anteriores, promova a baixa (pelo recebimento) das referidas duplicatas, tendo o cuidado de detalhar no histórico o motivo do ajuste.
No entanto, se o recebimento se deu acrescido de juros e multas ou diminuído de eventuais descontos concedidos, envolverão contas que irão interferir no Resultado.
Nestes casos, a regularização se dará via Ajustes de Exercícios Anteriores e as providências a serem tomadas devem seguir raciocínio diferente.
O Portal de Contabilidade publicou a matéria intitulada Ajustes contábeis de Exercícios Anteriores onde o autor aborda o assunto de forma bastante esclarecedora. Estou certo de que a simples leitura do artigo, será bastante para que você saiba como proceder.
Ainda assim se persistirem dvidas, entre em contato.
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