Não existe certeza total quanto a fazer uma retificação sem a exclusão das informações anteriores, há várias divergências quanto a isso.
De acordo com a CEF, a nova gfip substitui as informações anteriores, não duplicando, porém, na prática, isso nem sempre é verdade.
Exclua a anterior primeiro, e após isso envie uma nova (sem ser retificação, envie normalmente como se fosse a primeira vez que está enviando). Assim vai dar certo, é o melhor a fazer.
Para excluir uma declaração, preencha normalmente a SEFIP, mas não precisa informar funcionários etc, apenas os dados da empresa.
Na aba MOVIMENTO (abertura de movimento), informe a competência que deseja excluir, informe o código de recolhimento utilizado na SEFIP anterior (a que será excluída), e marque o campo "Pedido de exclusão de informações anteriores".
Aí é só gravar e enviar.
Depois de excluir, envie a sefip correta.
Como não dá diferença no FGTS, veja o valor que deu de diferença no INSS, recalcule e pague. Use este site: http://www.dataprev.gov.br/sal/SalEmpresa2.htm para recalcular e gerar a guia.