Elis Boa tarde, postei isso ontem à uma pessoa que estava com o mesmo problema que o seu
Veja se te ajuda:
Já tive esse problema, fiz o seguinte: entrei na aba trabalhador, cliquei em férias e cliquei no trabalhador q iria programas as férias, estava constando um período aquisitivo escrito em vermelho como FÉRIAS NÃO CONCLUIDAS. Então exclui folhas e lançamentos, tudo q tinha feito até a data das férias que tinham sido programadas lá atrás, se não me engano foi mês 03/2016. Chegando na competência que tinha programado essas férias, entrei novamente na aba gestão de trabalhadores, e entrei nessas férias que não estavam concluidas e cliquei em salvar sem alterações, ai ela já constou como concluida, Fechei e informei novamente tudo o que tinha excluido e consegui informar a nova férias do empregado.