Boa noite Isis,
Lê-se no § 2º, Artigo 47º da IN SRF 247/2002 que:
Art. 47. As entidades relacionadas no art. 9º desta Instrução Normativa:
I - não contribuem para o PIS/Pasep incidente sobre o faturamento; e
II - são isentas da Cofins em relação às receitas derivadas de suas atividades próprias.
§ 1º Para efeito de fruição dos benefícios fiscais previstos neste artigo, as entidades de educação, assistência social e de caráter filantrópico devem possuir o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social expedido pelo Conselho Nacional de Assistência Social, renovado a cada três anos, de acordo com o disposto no art. 55 da Lei nº 8.212, de 1991.
§ 2º Consideram-se receitas derivadas das atividades próprias somente aquelas decorrentes de contribuições, doações, anuidades ou mensalidades fixadas por lei, assembléia ou estatuto, recebidas de associados ou mantenedores, sem caráter contraprestacional direto, destinadas ao seu custeio e ao desenvolvimento dos seus objetivos sociais.
Considerando que a ONG mencionada pelo Lucélio não tenha o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social, e tenha auferido receitas estranhas a seu objeto social - entendimento este dado também pela fonte pagadora que promoveu a retenção - a compensação se dá pela simples dedução das contribuições a serem pagas, conforme informei.
Entretanto se não for este o caso, a compensação se dará conforme acertadamente você informou, ou seja, via per/DComp.
Devo desculpas se ao responder não considerei todas as possibilidades, focando (a exemplo do que fez a fonte pagadora) apenas na que me pareceu mais lógica.
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