Boa tarde Lea
Pelo que tenho acompanhado de alguns casos iguais aos seu, voce realmente, perdeu a condição de simples nacional, por não ter se enquadrado em tempo hábil, segue o perguntas e respostas do Simples Nacional;
2.8. A OPÇÃO PELO SIMPLES NACIONAL PODE SER EFETUADA A QUALQUER TEMPO?
Não. A opção pelo Simples Nacional somente poderá ser realizada no mês de janeiro, até o seu último dia útil, produzindo efeitos a partir do primeiro dia do ano-calendário da opção.
Nota:
Na hipótese de início de atividade no ano-calendário da opção, a partir de 01.01.2009, a ME e a EPP, após efetuar a inscrição no CNPJ, bem como obter a sua inscrição municipal e estadual, caso exigíveis, poderão efetuar a opção pelo Simples Nacional no prazo de até 30 dias contados do último deferimento de inscrição.
A ME ou a EPP não poderá efetuar a opção pelo Simples Nacional na condição de empresa em início de atividade depois de decorridos 180 (cento e oitenta) dias da data de abertura constante do CNPJ.
Pelo exposto acima, vc perde a condição do simples nacional, e neste caso, terá que assumir o regime de tributação Lucro Presumido ou Real.
Talvez, se tiver conhecimento, de que algum processo administrativo, pedindo a inclusão no simples nacional com data retroativa, tenha sido deferido pela RF, esse será um caminho a ser usado pra tal enquadramento.
Espero ter ajudado
Abraços
Leandro