Boa tarde Rafael Fernandes!
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No caso das operações internas :
Sim , quando ele se encontrar na condição de substituto tributario, podera deduzir não somente operações com as Me ou EPP, mas também com empresas de regime normal, conforme orienta o artigo 268 do Ricms:
§ 2° - Na hipótese de o sujeito passivo por substituição tributária estar sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - "Simples Nacional":
1 - o valor do imposto a ser recolhido a título de sujeição passiva por substituição é a diferença entre o valor do imposto calculado mediante a aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo prevista para a operação ou prestação sujeita à substituição tributária e o valor resultante da aplicação da alíquota interna ou interestadual, conforme o caso, sobre o valor da operação ou prestação própria do remetente; (Redação dada ao item pelo Decreto 54.650, de 06-08-2009, DOE 07-08-2009; efeitos a partir de 01-08-2009)
Não se esquecendo das situações em que o sujeito passivo não é responsavel pela retenção, subordinando as normas comuns da legislação,artigo 264:
Artigo 264 - Salvo disposição em contrário, não se inclui na sujeição passiva por substituição, subordinando-se às normas comuns da legislação, a saída, promovida por estabelecimento responsável pela retenção do imposto, de mercadoria destinada a (Lei 6.374/89, art. 66-F, I, na redação da Lei 9.176/95, art. 3º, e Convênio ICMS-81/93, cláusula quinta):
I - integração ou consumo em processo de industrialização;
II - estabelecimento paulista, quando a operação subseqüente estiver amparada por isenção ou não-incidência; (Redação dada ao inciso pelo Decreto 52.104, de 29-08-2007; DOE 30-08-2007)
II - estabelecimento, exceto de microempresa, quando a operação subseqüente estiver amparada por isenção ou não-incidência;
III - outro estabelecimento do mesmo titular, desde que não varejista;
IV - outro estabelecimento responsável pelo pagamento do imposto por sujeição passiva por substituição, em relação à mesma mercadoria ou a outra mercadoria enquadrada na mesma modalidade de substituição;
V - estabelecimento situado em outro Estado.
§ 1º - Na hipótese do inciso III ou IV, a responsabilidade pela retenção do imposto será do estabelecimento destinatário, devendo tal circunstância ser indicada no campo "Informações Complementares" do respectivo documento fiscal. (Redação dada ao parágrafo pelo Decreto 45.824 de 25/05/01; DOE 26/05/01; efeitos a partir de 26/05/01) .
Nas operações interestaduais:
Primeiramente deverá observar o protocolo firmado entre os Estados.
Um exemplo em que poderá deduzir a aliquota interestadual na sua operação nésta situação, para calculo do imposto devido por substituição:
PROTOCOLO ICMS 28, DE 5 DE JUNHO DE 2009
Nas operações interestaduais com as mercadorias listadas no Anexo Único, com a respectiva classificação na Nomenclatura Comum do Mercosul / Sistema Harmonizado - NCM/SH, destinadas ao Estado de Minas Gerais ou ao Estado de São Paulo, fica atribuída ao estabelecimento remetente, na qualidade de sujeito passivo por substituição tributária, a responsabilidade pela retenção e recolhimento do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS relativo às operações subseqüentes.
Importante tambem observar neste protocolo situações que não se aplica o calculo do imposto:
Cláusula segunda O disposto neste protocolo não se aplica:
I - às transferências promovidas pelo industrial para outro estabelecimento da mesma pessoa jurídica, exceto varejista;
II - às operações que destinem mercadorias a estabelecimento industrial para emprego em processo de industrialização como matéria-prima, produto intermediário ou material de embalagem;
III - às operações que destinem mercadorias a sujeito passivo por substituição, que seja fabricante da mesma mercadoria ou de outra relacionada no Anexo Único deste Protocolo;
IV - às operações interestaduais promovidas por contribuinte varejista com destino a estabelecimento de contribuinte localizado no Estado de São Paulo;
V - às operações interestaduais destinadas a contribuinte detentor de regime especial de tributação que lhe atribua a responsabilidade pela retenção e recolhimento do ICMS devido por substituição tributária pelas saídas de mercadorias que promover.
§ 1º Na hipótese desta cláusula, a sujeição passiva por substituição tributária caberá ao estabelecimento destinatário, devendo tal circunstância ser indicada no campo "Informações Complementares" do respectivo documento fiscal.
§ 2º Na hipótese de saída interestadual em transferência com destino a estabelecimento distribuidor, atacadista ou depósito localizado em Minas Gerais, o disposto no inciso I somente se aplica se o estabelecimento destinatário operar exclusivamente com mercadorias recebidas em transferência do remetente.
E por fim observe que o protocolo informa que se a mercadoria for destinada para fins de uso, consumo ou ativo permanente do destinatário, se exige o recolhimento de forma diferenciada, através do recolhimento do diferencial de aliquotas:
Parágrafo único. O disposto no "caput" aplica-se também à diferença entre a alíquota interna e a interestadual sobre a base de cálculo da operação própria, incluídos, quando for o caso, os valores de frete, seguro, impostos e outros encargos transferíveis ou cobrados do destinatário, na hipótese de entrada decorrente de operação interestadual, em estabelecimento de contribuinte, de mercadoria destinada a uso, consumo ou ativo permanente.
Felicidades!