Boa tarde Elisio
Bem as regras são inúmeras, mas vou lhe passar as informações básicas sobre as questões que você colocou. Posteriormente se houver alguma tratativa específica, você volta a postar a sua dúvida para tratarmos especificamente, ok?
O icms é um imposto não cumulativo, isso significa que quem compra pode se creditar do imposto da operação e quando vende debita o imposto. Ou seja, na entrada do produto toma-se crédito do ICMS e na saída paga-se o tributo, ao término do mês você faz a apuração gráfica (crédito - débito = se o crédito for maior você transfere o saldo para o mês seguinte, se o débito for maior você recolhe o tributo). Desta forma, a fábrica paga o tributo. A loja ao adquirir se apropria do ICMS da compra e a loja ao vender paga o ICMS sobre sua venda. Em se tratando de operação interestadual, a alíquota do imposto não é a do produto e sim da região. No caso que vc exemplificou seria de 12% (saida de SP para o RS) mesmo que o produto em SP seja tributado a 18%. Não entrarei na questão da substituição tributária porque o assunto seria exaustivo e é bem complexo, mas se as empresas envolvidas (fábrica e loja fossem da mesma pessoa jurídica) a regra de tributação seria diferente). Há também de se obsevar quais as operações dão direito ao crédito do imposto. Se você adquirir produto que será usado como consumo em sua empresa (por ex.: material de escritório, material de limpeza etc) não tem direito ao crédito do ICMS.
Quando a mercadoria é isenta, signifca que não há tributação sobre ela, o fisco já concede a isenção do produto.
A não tributação está mais ligada a operação do que ao produto. Por ex.: você pode ter um produto que é tributado normalmente, mas você vai enviar esse produto para conserto. A operação de remessa para conserto é que não é tributada e não o produto em si. Também pode ter operação isenta do imposto, por ex.: saída para exposição em feiras. Essas regras estão dispostas no Regulamento do ICMS de cada Estado.
O diferimento do imposto é a postergação do seu pagamento. Por ex.: saída de mercadoria para industrialização. A remessa do produto para o industrializador sai com diferimento porque a tributação vai ocorrer no momento da venda do produto quando já estiver industrializado.
O CST 60 indica que o produto está no regime da substituição tributária e o ICMS/ST já foi recolhido pelo industrializador/importador e não incidirá nas cadeias seguintes. Quando a indústria sai com o produto paga o ICMS normal da operação e calcula o ICMS/ST que incidirá até o consumidor final. Esse ICMS/ST é somado ao total da nota, ou seja, quem adquire paga esse ICMS/ST ao industrializador que é um mero repassador do tributo ao fisco. O industrializador calcula e recolhe o ICMS/ST e cobra do destinatário na nota fiscal de venda.
Enfim, este é um breve e bem simplificado resumo das questões que você colocou, por isso, se tiver uma situação específica volte a postar para aprofundarmos melhor o entendimento, visto que, são inúmeras as regras e as exceções que regem o ICMS.