Mário Gilberto Barros de Melo
Moderador , Sócio(a) Proprietário Bom dia José,
Sim, a alteração contratual deve ser registrada no mesmo Cartório onde o contrato social esta registrado.
Após alteração contratual registrada, alterar também, Receita Federal do Brasil, SEFAZ-SP, Prefeitura local.
Se a empresa esta registrada no Cartório de Registro Civil das Pessoas Jurídicas, não ha no que se falar em registro na Junta Comercial, salvo se alteração contratual for de alteração de tipo societário.
Caso queira, favor enviar detalhes das alterações, para que possamos lhe orientar melhor.
Obs.: As alterações no estado de São Paulo, passaram a ser pelo Coleta On Line no Cadastro Sincronizado da Receita Federal.
https://www16.receita.fazenda.gov.br/CadSinc/