Faço a contabilidade de várias igrejas evangélicas.
A principal diferença está na parte da escrita fiscal já que a igreja por ser sem fins lucrativos não emite notas fiscais e não paga impostos sobre a renda.
Ela deve ter a escrituração dos livros contábeis Diário e Razão anual, além dos balancetes mensais.
As Declarações que ela deve entregar são: DIPJ, RAIS, DCTF e Dacon mensasl estas duas últimas se ela tiver impostos a recolher sobre salários e autonomos, se não a Declaração sem movimento anual no caso da DCTF.
Quanto a folha de pagamento se tiver funcionários é como de qualquer empresa quanto a documentação, obrigações e encargos sociais.
A única diferença é quanto aos pagamentos de pastores, missionários ou outros que exercem trabalho exclusivamente religiosos, pois você pode emitir o recibo de autonomo mensal, mas a igreja não precisa recolher os 20% da parte empresa. Apenas o INSS da parte do prestador de serviço religioso.
Em linhas gerais é isso, se não estiver me esquecendo de algo.
Abraços
Ricardo Rodrigues