Bom dia André,
Veja o que diz o art. 132 da CLT:
Art. 132 - O tempo de trabalho anterior à apresentação do empregado para serviço militar obrigatório será computado no período aquisitivo, desde que ele compareça ao estabelecimento dentro de 90 (noventa) dias da data em que se verificar a respectiva baixa. (Redação dada pelo Decreto-lei nº 1.535, de 13.4.1977)
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Com relação aos recolhimentos de
FGTS, o art. 15 da
Lei nº 8036/90, por força do seu § 5.º estabelece a obrigatoriedade do depósito dos 8% sobre a remuneração paga ou devida ao empregado afastado para prestação do serviço militar obrigatório e licença por acidente do trabalho.
Espero ter ajudado!