Venda por filial

Trabalho com licitações públicas em uma empresa com Matriz em São Paulo/SP, CNPJ (...)/0001-46 e filial em João Pessoa/PB, CNPJ (...)/0011-18, entre outras. Em cada uma das lojas há um depósito de mercadorias. Por algumas vezes fazemos as vendas pela filial de João Pessoa, mas não temos a mercadoria neste depósito e a temos no depósito da Matriz. Como a Nota Fiscal de venda precisa, obrigatoriamente, ser emitida pela filial de João Pessoa, como fazer para despachar a mercadoria pela Matriz? Exemplo: feita uma venda para a Secretaria da Educação da Bahia pela filial de João Pessoa e a mercadoria está no depósito da matriz em São Paulo. Como fazer para despachar de São Paulo para a Bahia com a Nota Fiscal de venda de João Pessoa?

Boa Tarde Wilson!

Uma alternativa seria emitir uma nf de transferência da loja de São Paulo para a loja de João Pessoa, e posteriormente a loja de JP emitira uma nf de venda.
Outra alternativa a loja de JP emitiria uma nf de simples faturamento e depois qdo da entrega da mercadoria pela loja de SP emitiria uma nf de por conta e Ordem.