Neste caso Renata.
A sua empresa não é optante pelo Simples Nacional. ( pois se for somente no campo de observações você informará a opção e todas as bases serão zeradas)
Tendo outro regime de tributação funciona da seguinte maneira.
Transportes prestados tentro do mesmo municipio onde o remetente e o destinatario são dos mesmos municipios, a tributação cabera ao ISS, pois é caracterizado como transporte municipal.
Porem transportes entre outros estados e municipios, a tributação caberá ao ICMS - impostos sobre circulação de mercadorias e serviços (serviço de transportes intramunicipal e interestadual - telefonia - energia, etc.)
Então você poderá destaca na nota todos os tributos seguindo os criterios acima:
ICMS
ISS
PIS
COFINS
Sem nenhum problema.
Espero ter ajudado e boa tarde.