Márcio
A responsabilidade de repassar o iss é de quem tomou o serviço (principalmente sendo substituto) . Dúvida: A DMS que você está informando é um sistema online, vou lhe dar exemplo daqui de Fortaleza: aqui temos a GISS que um sistema online de escrituração de serviços prestados e tomados. Quando a empresa toma o serviço (se o prestador for de Fortaleza) aparece no sistema o valor a reter (então não tem o perigo de faltar a retenção). a Responsabilidade é sua de retenção e acredito que seja mais fácil o fornecedor devolver o dinheiro. Além que esse valor do iss para empresa que prestou o serviço será a recuperar, a não ser que eles já pagaram esse valor foi dentro do iss faturamento.
Espero ter ajudado
Natália