Boa noite Rebeca,
Pesquisei sobre o assunto e a resposta é SIM, as notas fiscais que o seu cliente recebe de prefeituras fora de São Paulo devem ser escrituradas e após emitir a NFTS. Feito isso, as que possuem retenções integrarão o ISS a pagar.
As notas eletrônicas de dentro de São Paulo já estão automaticamente lançadas.
DECRETO Nº 52.610, DE 31 DE AGOSTO DE 2011 – DOM 1-9-2011
Regulamenta a emissão da Nota Fiscal Eletrônica do Tomador/Intermediário de Serviços – NFTS, instituída pelo artigo 10-A da Lei nº 13.476, de 30 de dezembro de 2002, acrescido nos termos do artigo 17 da Lei nº 15.406, de 8 de julho de 2011. GILBERTO KASSAB, Prefeito do Município de São Paulo, no uso de suas atribuições que lhe são conferidas por lei,
D E C R E T A:
Art. 1º. A Nota Fiscal Eletrônica do Tomador/Intermediário de Serviços – NFTS, instituída pelo artigo 10-A da Lei nº 13.476, de 30 de dezembro de 2002, acrescido nos termos do artigo 17 da Lei nº 15.406, de 8 de julho de 2011, substitui a Declaração Eletrônica de Serviços – DES.
Art. 2º. A NFTS deverá ser emitida pelas pessoas jurídicas e pelos condomínios edilícios residenciais ou comerciais por ocasião da contratação de serviços, nas seguintes hipóteses:
I - quando os serviços tiverem sido tomados ou intermediados de prestador estabelecido fora do Município de São Paulo, ainda que não haja obrigatoriedade de retenção, na fonte, do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza - ISS;
Obrigado!