Escrituração de nota fiscal em filial errada

Preciso de ajuda para montar um procedimento para corrigir a situação abaixo:

- Recebemos uma nota fiscal de remessa para conserto de um cliente situado no estado de São Paulo, com o CFOP 1915.
- Escrituramos erroneamente em duplicidade, sendo uma correta e uma lançada para outra filial do mesmo cliente, no estado do Piaui, com o CFOP 2915.
- Ao fazermos o retorno da remessa, filtramos a nota incorreta, ou seja, a da filial do Piaui, destinando à filial errada do cliente, com o CFOP 6916.
- Entregamos a mercadoria à filial no Estado de São Paulo, que por um lapso também escriturou a nota fiscal em seu livro de entradas.
- O cliente encerrou o período contábil e fiscal, bem como suas apurações

A dúvida é, como sanar essa situação, haja visto que o prazo de cancelamento já expirou e o cliente escriturou as notas fiscais de outra filial como sendo deles?

Se não houver possibilidades de retificar as GIAs contendo os estornos a serem efetuados nos livros fiscais, você poderá fazer uma denúncia ao Posto Fiscal informando o ocorrido especialmente que não houve falya de pagamento do imposto.

Fundamento artigo 138 do CTN.