Cintia Bom Dia.
O ISS conforme prescreve a Lei Complementar 116 que é a lei do ISS, o mesmo deverá ser retido no município onde o serviço foi prestado, se o seu cliente é de outro município e prestou serviços dentro do município de quatro barra, bem provavelmente haverá incidência da retenção, mas para fazer tudo de maneira correta, você deverá ler a legislação do município onde o serviço foi prestado para fazer a retenção de forma correta e se a retenção for devida o correto é rete-la na alíquota proporcional a tabela do simples, em que a empresa se enquadra.
No tocante aos serviços de transportes você deverá se atentar, para a regra pois o ISS será incidente apenas em transportes intramunicipais prestados dentro do municipio onde a empresa está sediada, porem a competencia do tributo sobre transportes interestaduais e intermunicipais, é do estado e este tipo de transporte deverá ser tributado pelo ICMS.
Espero ter ajudado e bom dia.