Boa tarde Amanda.
DECRETO Nº 53.085, DE 11 DE JUNHO DE 2008
Artigo 1º - O fornecedor que deixar de emitir ou entregar documento fiscal hábil ao consumidor de mercadorias, bens ou serviços de transporte intermunicipal ou interestadual estará sujeito a multa no valor equivalente a 100 (cem) UFESPs - Unidades Fiscais do Estado de São Paulo, por documento não emitido ou não entregue, sem prejuízo de outras penalidades previstas na legislação.
§ 1° - Ficará sujeito à mesma penalidade o fornecedor que violar o direito do consumidor pela prática das seguintes condutas:
[...]
2 - deixar de efetuar o Registro Eletrônico do documento fiscal na forma, prazo e condições estabelecidos pela Secretaria da Fazenda do Estado de São Paulo;
[...]
Creio que não haja mais o que ser feito, pois como você citou o prazo já foi transcorrido. Caso os consumidores afetados façam reclamações no sistema da NFP, o responsável poderá justificar a reclamação. Se o cliente não aceitar, esta se transformará em denúncia, que será analisada pela SEFAZ. Na hipótese de a denúncia ser julgada procedente, será lavrado o respectivo Auto de Infração.
Att.