Boa noite, Michele de Albuquerque Amorim!
Ambos os documentos fiscais podem acompanhar as mercadorias e respaldarem legalmente a transição de direito e propriedade sobre os produtos e/ou mercadorias comercializados.
Para consumidor final, eu priorizo, na empresa que trabalho, a emissão de cupom fiscal, uma vez que a finalidade do ECF é justamente essa. Para contribuintes, eu priorizo a emissão de NF-e. Entretanto, é necessário ressaltar que não há nenhuma restrição que impeça a emissão de NF-e para consumidor final e a emissão de cupom fiscal para contribuinte.
Nesse último caso, quando, por exemplo, um contribuinte efetua o pagamento com cartão de crédito, onde (no meu estado) é obrigatório que o PoS esteja vinculado à ECF, pode-se fazer a emissão da NF-e vinculada ao cupom fiscal utilizando-se dos CFOP´s 5.929 ou 6.929 .
Com relação à tributação estadual, a carga de ICMS já é recolhida na emissão do cupom fiscal e armazenada na memória fiscal do equipamento. Devido a isso, é utilizado o CFOP 5.929 ou 6.929, específico para esse fim, com CST/CF e tributação igual a do cupom fiscal, uma vez que esse DANF-e deve ser um "espelho" do cupom fiscal, mas na apuração esse documento fiscal em específico deve ser escriturado com valor R$ 0,00 , inclusive no EFD ICMS/IPI.
Com relação à tributação federal, o cupom fiscal não especifica por item os valores de PIS e COFINS. O meu sistema comercial guarda em banco de dados os valores específicos por item dessas contribuições, e as utiliza para apresentar a totalização de carga tributária aproximada a fim de atender a Lei da Transparência. A partir destes mesmos dados são gerados os registros inerentes à NF-e e os agrega no XML a ser validado, sendo posteriormente transcritos no arquivo EFD Contribuições.
Espero ter ajudado!
Abraços,
Juber Roberto