Bom dia, Janaina Ap.alves!
Não sei se seu caso é semelhante ao meu, mas no que condiz a meu ramo, comércio varejista de autopeças novas, o valor do ICMS ST referente ao frete é recolhido por nós quando da entrada da mercadoria no nosso estabelecimento, conforme Protocolo ICMS 41/2008, que reza:
Cláusula segunda - A base de cálculo do imposto, para os fins de substituição tributária, será o valor correspondente ao preço máximo de venda a varejo fixado por autoridade competente, ou na falta deste, o preço sugerido ao público pelo fabricante ou importador, acrescido, em ambos os casos, do valor do frete quando não incluído no preço.
e dentro da mesma cláusula
§4º Na impossibilidade de inclusão do valor do frete na composição da base de cálculo, o recolhimento do imposto correspondente será efetuado pelo estabelecimento destinatário, acrescido dos percentuais de margem de valor agregado de que tratam os §§ 1º, 2º e 7º.
Quando você coloca "recebi um ctrc diz que a responsabilidade do ICMS st é do emitente", isso é uma dedução, uma informação ou um regulamento respaldado por legislação? Caso não seja o último, creio que a obrigatoriedade de recolhimento acarrete sim sobre sua empresa. Evidentemente, baseando-me no meu escopo, de que esse frete é referente ao transporte de uma mercadoria adquirida por sua empresa em que incide sobre ela Substituição Tributária.
Espero ter ajudado!
Abraços,
Juber Roberto