Conhecimento de transporte e devolução!!

Uma empresa recusou a mercadoria e a transportadora deverá fazer a devolução da mercadoria à origem. Mas para receber o frete relativo a devolução da mercadoria a sua origem, ele precisa emitir um conhecimento de transporte eletrônico. Como proceder se a mercadoria será devolvida com a mesma NF que originou o CTe para a entrega? Para o CTe de devolução ele precisará que a empresa que está recebendo a devolução emita nova nota fiscal, correto??

Se a empresa recusou a receber a mercadoria, não se trata de nota de devolução, O retorno se dá pelas anotações na nota de saída das razões do não recebimento.

Você emitirá depois uma nota de entrada.

Sim a mercadoria retorna com a mesma NF feitas as devidas anotações. A dúvida é outra:como farei para receber o frete referente ao retorno se não consigo emitir outro CT-e para a mesma NF.