Destaque dos tributos nos documentos fiscais

Bom dia!

Estou com dúvida no seguinte: Sobre o destaque dos tributos nos documentos fiscais, eu tenho um cliente que é Farmácia de manipulação e homeopatia e o mesmo quer implantar o sistema que deve destacar os impostos pagos pelos clientes, mas tem um problema, ela não revende mercadoria, ela manipula, ou seja, ela compra mercadoria com um certo NCM e uma certa alíquota e mistura com outra mercadoria com outro NCM e outra alíquota, mas quando for destacar, como devo proceder para fazer um calculo correto dentro da legislação? Me falaram para fazer uma alíquota base, mas não tenho certeza se este modo é correto, existe alguma coisa que isenta certas empresas do destaque dos tributos ou qual a forma correta de proceder em casos desse tipo?

Bruno bom dia, precisaria saber ao certo qual o ncm da mercadoria para te dar uma resposta sobre isenção

então, a maioria é 30049019, mas tem 22071000, 90039019

Na verdade tem vários NCM's, tem óleo de ricino 1515300, 30051090, 96121090... mas o caso é, provavelmente ela irá manipular esses produtos, mas como proceder quando isso acontece?

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