Murilo,
Bom dia!
Nessa caso, o próprio transportador deverá informar no verso da nota fiscal ou Danfe os motivos da não entrega, veja o dispositivo abaixo:
Mercadoria não entregue (recusada) - trata-se de mercadoria que, por qualquer motivo, não foi entregue ao destinatário, seja por oposição ao seu recebimento ou outro motivo que impossibilite a sua entrega. Nessa hipótese deverão ser declarados, pelo transportador ou pelo próprio destinatário, os motivos da não entrega da mercadoria no verso da 1ª via da nota fiscal que acobertou a saída promovida pelo fornecedor (art. 453 do RICMS-SP). Em se tratando de contribuinte emitente de Nota Fiscal Eletrônica (NF-e), os dados mencionados no parágrafo anterior serão declarados no verso do DANFE correspondente;
Após feito essa formalização, você deverá emitir a nota fiscal de retorno de mercadoria não entregue, conforme dispõe a legislação.