Escrita fiscal-transportadora

Boa noite á todos colegas de profissão!

Gostaria que me ajudassem, acabamos de fechar com um cliente que é transportadora e estoque pra terceiros, exemplo: o cliente da transportadora compra material em SP e a transportadora traz esse material para o RJ e coloca em seu próprio galpão , para depois distribuir este material para as lojas do cliente que adquiriu as mercadorias em SP,qual o tratamento fiscal para estas operações ? como estas notas entrarão no galpão da transportadora, entrarão como simples remessa? e sairá como?Quais CFOP´s serão usados?

Desde já agradeço a atenção de todos os colegas!