Duvida Industrialização com Funap

Bom dia!
A empresa em que trabalho tem um contrato de mão de obra com a Funap, ou seja, nós mandamos a matéria prima e eles , montam , embalam e retornam para a empresa o produto acabado. O procedimento que recebemos da Funap para a emissão de nota fiscais, seria:
EMISSÃO DE NOTAS FISCAIS P/ OFICINA dentro das unidades penais (empresa emitirá nota fiscal para própria empresa com os códigos abaixo.
ENVIO
NATUREZA DA OPERAÇÃO: REMESSA PARA INDUSTRIALIZAÇÃO
CFOP: 5.901
DESTINATÁRIO:
ENDEREÇO:
MATERIAL DE NOSSA PROPRIEDADE QUE ORA ENVIAMOS PARA MONTAGEM CONF. TRATADO FIRMADO COM A FUNAP EM DADOS ADICIONAIS:
ICMS SUSPENSO CF. ART.402 RICMS 382 DO DEC. 33.118 DE 14/03/1991
IPI SUSPENSO CF.ART. 36 INC. I DO DECRETO 87.981 DE 23/12/1982
IPI pi suspenso conf ARTIGO 42 INCISO VI

RETORNO
NATUREZA DA OPERAÇÃO: ENTRADA DE INDUSTRIALIZAÇÃO
CFOP: 1.901
DESTINATÁRIO:
ENDEREÇO: RUA. – bairro
CEP. SÃO PAULO - SP
MATERIAL DE NOSSA PROPRIEDADE QUE RETORNAMOS ENVIADO PARA MONTAGEM CF. NOTA FISCAL DE REMESSA Nº--_______________ DE ____/_______/_____

SUSPENSÃO DO ICMS CF.ART. 402 RICM/00
SUSPENSÃO DO IPI CF. ART.42 INCISO INCISO VI DO RIPI /02

SUSPENSÃO DO ICMS CF.ART. 382 DO DEC. 33.118 DE 14/03/1991
SUSPENSÃO DO IPI CF. ART. 36 INC. I DO DEC. 87.981 DE 23/12/1982

De acordo com a nossa contabilidade, este procedimento está incorreto porque uma empresa não pode emitir uma nota fiscal pra ela mesma, e o que eles nos orientaram a fazer é uma nota fiscais de remessa para industrialização para a Funap e depois nós emitimos uma nota fiscal de entrada sendo o retorno da mercadoria.

Estou com um problema, pq a contabilidade fala que o procedimento da Funap está incorreto e esta fala que o procedimento da Contabilidade está errado. Já estamos emitindo NFs de acordo com a contabilidade a 2 anos. Alguém sabe me informar como devo proceder neste caso?

Obrigada!
camila Martins