Substituição Tributária

Tenho uma empresa e compramos umas peças para revender de uma empresa em SP. O meu fornecedor falou que eu deveria gerar a guia para pagar a ST. das peças que se aplicam tal imposto.
Na hora que meu contador calcular a ST ele calculará do valor total da NF mesmo que alguns itens não precisam de ST ou somente dos itens que se aplica o imposto? Como é feito esse calculo?
E na hora que eu emitir NF de venda das peças para meu cliente emito com CFOP 5405??? E quais opções na Danfe eu marco, sem premissão de crédito, com permissão de crédito etc???
Aguardo retorno.

Se seu contador falou precisava calcular o st concerteza ele sabe o que esta falando, ele primeiro deve rer olhado oanae de mercadoria.
E´calculado somente as mercadorias que são ST.

corrigindo deve ter olhado o cnae da mercadoria

Ele calculou a ST baseada no valor total da NF e eu paguei, sendo que em contato com mue fornecedor o mesmo me informou que maior parte dos itens não se aplica a ST.

Thais Oliveira, comunica com seu contador sobre o que seu fornecedor, ai ele tomas devidas providencias.