Boa tarde Carla,
Pelo que entendi, seu Fornecedor emitiu uma Nota Fiscal com os CFOPs 5.124 e 5.902, e no item o qual foi utilizado o CFOP 5.902 ele inseriu somente o item com a informação da quantidade que está sendo devolvida, mas com o valor zerado, certo?
Primeiramente, não é errado emitir dois CFOPs na mesma Nota Fiscal, desde que iniciem com a mesma numeração (5.XXX ou 6.XXX, por exemplo), porém nesse caso fica meio confuso. Já tratando-se da operação que está sendo realizada, no meu entendimento o correto seria o seguinte:
Digamos que você quer mandar alguma mercadoria para industrialização para outra empresa, então emitiu uma Nota Fiscal com o CFOP 5.901, com as mercadorias que serão utilizadas nesse processo de industrialização.
Então depois de terminado o processo dessa mercadoria, digamos que não foi utilizado todos os produtos que você enviou para a indústria (sobrou mercadoria), então a indústria terá de emitir uma nota fiscal com as seguintes operações:
5.902 - Mercadoria pronta/industrializada/finalizada
5.903 - Mercadorias que sobraram/não foram utilizadas
5.124 - Onde será o valor da industrialização, ou seja, quanto a empresa cobrou para estar fazendo todo o processo de industrialização de determinado produto, que é onde acontecerá a tributação da referida receita.
Mas o fato de o fornecedor emitir a nota fiscal sem o valor real do produto, vejo que não está correto, porque a mercadoria tem que voltar com o mesmo valor que foi recebida, e a única operação que será tributada é a industrialização efetiva (5.124).