Marcelo,
Boa tarde,
Você não pode fazer uma NF de entrada para um produto que nem saiu . abaixo segue orientação da SEFAZ-SP quando houver necessidade de cancelamento extemporâneo de NF-e
link: https://www.fazenda.sp.gov.br/nfe/perguntas_frequentes/respostas_v.asp
"Após o prazo regulamentar de 24 horas da autorização de uso da NF-e, os Pedidos de Cancelamento de NF-e transmitidos à Secretaria da Fazenda serão recebidos via sistema até 480 horas da Autorização de Uso da NF-e, porém neste segundo caso o emitente fica sujeito à penalidade prevista no item z1 do Inciso IV do artigo 527 do Regulamento do ICMS.
Após este prazo de 480 horas da autorização de uso da NF-e, a NF-e pode ser cancelada somente com a aprovação do Posto Fiscal de vinculação. O pedido deve ser acompanhado da:
1. chave de acesso da NF-e a ser cancelada extemporaneamente;
2. folha do livro Registro de Saídas e/ou Entradas, correspondente ao lançamento da operação ou prestação ou declaração de que faz uso da EFD (Escrituração Fiscal Digital);
3. comprovação de que a operação não ocorreu:
declaração firmada pelo representante legal do destinatário/remetente paulista da NF-e de que faz uso da Escrituração Fiscal Digital ou, não sendo este o caso, declaração firmada pelo representante legal do destinatário/remetente paulista da NF-e que não ocorreu a operação e de que não utilizou como crédito o valor do imposto registrado no documento fiscal ou;
tratando-se de pedido que envolva estabelecimento situado em outra unidade da Federação, cópia de correspondência entregue pelo destinatário à repartição fiscal do seu domicílio, em que declare que não utilizou como crédito, ou que estornou, a quantia restituenda ou compensada.
A resposta do pedido será enviada via Domicílio Eletrônico do Contribuinte - DEC.
Após a autorização do Posto Fiscal de vinculação, o emitente da NF-e deve transmitir o cancelamento da NF-e como evento, via sistema, dentro do prazo de 15 dias.
O status de uma NF-e (autorizada, cancelada, etc) sempre poderá ser consultada no site da Secretaria da Fazenda do Estado da empresa emitente ou no site nacional da Nota Fiscal Eletrônica (https://www.nfe.fazenda.gov.br). "
Att.