Bom dia Ana.
Não será devido o ICMS diferencial de aliquotas, pois a aliquota para transporte em SP é de 12%, conforme art. 54 do RICMS:
Artigo 54 - Aplica-se a alíquota de 12% (doze por cento) nas operações ou prestações internas com os produtos e serviços adiante indicados, ainda que se tiverem iniciado no exterior (Lei 6.374/89, art. 34, § 1°, itens 2, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 18, 19 e 20 e § 6º, o terceiro na redação da Lei 9.399/96, art. 1°, VI, o quarto na redação da Lei 9.278/95, art. 1º, I, o quinto ao décimo acrescentados, respectivamente, pela Lei 8.198/91, art. 2º, Lei 8.456/93, art. 1º, Lei 8.991/94, art. 2º, I, Lei 9.329/95, art. 2º, I, Lei 9.794/97, art. 4º, Lei 10.134/98, art. 1º, o décimo primeiro e o décimo segundo acrescentados pela Lei 10.532/00, art. 1º, o último acrescentado pela Lei 8991/94, art. 2º, II):
I - serviços de transporte;
Att.