Boa tarde Maria!
Na verdade a interpretação deve ser quanto à origem do produto se ela é nacional ou para a formação daquele produto eu adquiri um percentual qualquer fora do país.
Realmente 0 é inferior a 40% mas o CST de origem 0 - Nacional não entra em desuso não, assim como falei, o foco está na origem do produto com relação à aquela nota fiscal que está emitindo naquele momento portanto ambos os CSTs podem ser utilizados e estão corretos.
Equivoco seu aliás afirmar que não existe produto 100% nacional, o pó de guaraná produzido nos estados do norte e nordeste do Brasil é somente 1 de vários outros exemplos de produtos nacionais que temos, se não existisse produto 100% nacional nossa balança comercial nunca seria favorável para a exportação de produtos por exemplo, mas esta é outra discussão.
Espero ter ajudado.