Boa tarde, Edneia !
Creio, no meu ponto de vista, que o faturamento está sendo realizado de forma equivocada, uma vez que o CFOP 5.401 - Venda de produção do estabelecimento quando o produto esteja sujeito ao regime de substituição tributária - é normalmente utilizado por entidade cujo perfil é o de substituo tributário - fabricante designado como responsável pelo recolhimento antecipado da carga tributária incidente sobre o produto (ICMS ST) . Conheço a utilização do CSOSN 500 - ICMS cobrado anteriormente por substituição tributária (substituído) ou por antecipação - por entidades cujo perfil é o de substituído tributário (comércio varejista por exemplo, que acredito ser seu caso), uma vez que toda a carga tributária do ICMS fora recolhida na indústria/importador (substituto tributário).
Seria importante requisitar a seu fornecedor (caso seja) uma explicação de por qual motivo tal formulação CFOPxCST/CSOSN está sendo apresentada. Em termos gerais, o correto seria a utilização do CFOP 5.401 com o CSOSN 201 - Tributada pelo Simples Nacional com permissão de crédito e com cobrança do ICMS por substituição tributária - ou o CSOSN 202 - Tributada pelo Simples Nacional sem permissão de crédito e com cobrança do ICMS por substituição tributária. O CSOSN 500 seria apresentado no faturamento do adquirente dos produtos/mercadorias desta indústria.
Espero ter ajudado!
Um abraço!
Juber Roberto