Simone,
Se o transporte se iniciou e finalizou dentro do mesmo Município, o imposto será o ISS independente da localidade de quem o prestou, a transportadora está errada.
Lei Complementar 116/03:
Art. 3º O serviço considera-se prestado e o imposto devido no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXII, quando o imposto será devido no local:
XIX – do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo subitem 16.01 da lista anexa;
16.01 - Serviços de transportes de natureza municipal.
Art. 4º - Considera-se estabelecimento prestador o local onde o contribuinte desenvolva a atividade de prestar serviços, de modo permanente ou temporário, e que configure unidade econômica ou profissional, sendo irrelevantes para caracterizá-lo as denominações de sede, filial, agência, posto de atendimento, sucursal, escritório de representação ou contato ou quaisquer outras que venham a ser utilizadas.
Ou seja, o estabelecimento prestador está no Município em que ele prestou o serviços e como vimos no artigo 3º a incidência de ISS sobre o transporte de natureza Municipal.
Abs